تهدف الكلية إلى الارتقاء بمستوى طلاب الدراسات العليا ، بما يؤهلهم لتشخيص المشكلات الزراعية المتنوعة ، والعمل على حلها ، وإجراء البحوث العلمية فى مجالاتها ، وتخطيط ومتابعة تنفيذ السياسة الزراعية فى نواحي الإنتاج والخدمات الزراعية وخدمة المجتمع . وتقوم الكلية بدور جوهري فى التعرف على حاجات المجتمع الزراعي فى إقليمها وتشارك فى تحقيق أهدافه والارتقاء به .

قامت الكلية بتطوير برامج الدراسات العليا فى إطار المعايير الأكاديمية القياسية المرجعية المتبناة - الصادرة عن الهيئة القومية لضمان جودة التعليم والإعتماد ، والعمل علي إيجاد مكان للكلية على الخريطة التنافسية العلمية المصرية والإقليمية ، وبمقررات دراسية تتماشي مع تلك التحديات والتغيرات العالمية المتلاحقة.

من هنا جاءت فكرة الكلية فى تطوير لائحتها الداخلية لمرحلة الدراسات العليا حتى تلحق بركب التقدم من خلال تطوير اللائحة لتعمل بنظام الساعات المعتمدة ، والمطبق فى معظم جامعات العالم ، وقد تطلب ذلك التطوير إضافة مقررات ودرجات علمية جديدة ، فى إطار اتفاقية بولونيا ، مع وجود تنوع فى درجات الماجستير كي تفي باحتياجات سوق العمل على المستويين المحلي والإقليمي .

الماجستير البحثي ودكتوراه الفلسفة في العلوم الزراعية

ماجستير الإدارة المتكاملة للمياه (باللغة الانجليزية بنظام الساعات المعتمدة)

ماجستير الإدارة المتكاملة للأراضى (باللغة الانجليزية بنظام الساعات المعتمدة)

ماجستير فى الحماية المستدامة للمحاصيل (بنظام الساعات الأوروبية المعتمدة)

ماجستير علوم البذور (بنظام الساعات المعتمدة الأوربي)

الماجستير المهنى فى العلوم الزراعية

الماجستير المهنى فى تميز معلمى الأحياء فى أنظمة الهندسة الوراثية

الدبلومة المهنية فى العيادة النباتية وتقنيات صحة النبات